電影: Toshio Miike

巨大的怪獸哥吉拉現身日本，造成了大規模的傷害與毀滅，陷入極大恐慌的日本全國人民要如何與這隻龐然大物對抗？這將是一場人類對抗哥吉拉、對抗黑暗未來的戰爭。...

多年以前，人類以超級戰艦「轟天號」在南極擊敗了數度毀滅城市的怪獸王「哥吉拉」，並且將哥吉拉封印在南極的冰層下。但是地球除了哥吉拉以外，其實還有許許多多的怪獸正對著世界各大都市虎視眈眈。於是人類成立了專門對付各種怪獸的「地球防衛軍」。而地球防衛軍最強大的成員，就是當年封印哥吉拉的「轟天號」以及其艦長「道格拉斯·戈登上校」。 此外，為了應付怪獸對人類造成的困擾，地球防衛軍特別甄選出了有特殊能力的人類，由於這些人類擁有普通人類所沒有的「M染色體」，使得他們擁有比普通人更強大的體能跟敏捷性能夠應付怪獸...

在濃霧籠罩的北海道根室市，哥吉拉突然現身，不僅襲擊了城市，也將當地的發電廠給破壞殆盡，哥吉拉預測網站的工程師雄田浩二和記者一瀨由紀在現場目睹整個過程。 另一方面，日本危機管理局在日本海溝附近發現一顆巨大的岩塊，經偵測後得知裡面含有強力的磁性物質，可能是新發現的能源，正當危機管理局局長片桐光男下令打撈岩塊時，岩塊居然無預警的自動浮出水面，並且超越地球引力飛上天同時朝著哥吉拉所在的方向飛去......

一艘隸屬美國的核潛艇在關島附近消失，後經日本方面證實該潛艇已因事故遇難，而防衛軍在調查過程中竟然還在海底發現巨大生物的存在。與此同時，新瀉妙高山、鹿兒島池田湖、小笠原諸島等地接連發生強烈的地震和人員傷亡事件，關於50年前那頭大鬧日本的哥斯拉的恐怖記憶相繼在人們的腦中復蘇。 BS電視台女記者立花由里（新山千春 飾）近期正與同事調查接二連三的怪獸事件，從一個神秘老人的口中得知，所謂哥斯拉其實是太平洋戰...

由於一年前與哥吉拉的戰鬥，機龍雖然擊退了哥吉拉，但是機龍也損傷慘重失去了右手和絕對零度砲。 維修基地的成員中條義人一次與叔叔信一及外甥度假時，遇見了嬰兒島的小美人與摩斯拉，小美人並給他一個忠告：人類用哥吉拉的骨骸製造機龍其實是個嚴重的錯誤，若出動機龍，魔斯拉就會與人類為敵。於是信一想辦法說服老友同時也是首相的五十嵐希望能夠中止機龍的計畫，五十嵐首相因此陷入兩難，但此時日本的海邊發現了一具怪獸的屍體，經過調查怪獸似乎是遭到哥吉拉殺害，同時太平洋又出現了哥吉拉的蹤跡........

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卡美拉與加歐斯決戰後的冬天，北海道降下流星雨，同時一顆隕石墜落在支笏湖南西方約一公里處，陸上自衛隊第11師團隨即派出化學防護小隊，渡良瀬佑介二佐與花谷陸尉深入調查發現隕石似乎帶來了某種不明物體。 五天後，事件的原兇開始現身，札幌市地下鐵的電車在隧道內遭到不明生物攻擊，北海道札幌市的薄野出現巨大植物，巨大植物竄出一群體長3m，類似昆蟲的甲殼類生物。 怪蟲(Legion)與植物是與隕石一起飛來的地球外物體，兩者屬於共生關係，Legion會藉由啃食矽酮並分泌氧氣來製造植物(草體)，並藉由爆炸散佈種子...

1995年時（即首部曲：卡美拉1時的東京），比良坂綾奈一家人因為加歐斯來襲而準備離開東京，此時卡美拉受到加歐斯的攻擊而墜落，但在起身時卻破壞了綾奈的家，綾奈的父母來不及逃出因而喪生。目睹這一切的綾奈，認為是卡美拉殺死了她的家人，從此開始憎恨卡美拉.... 1999年，長峰博士在赤道附近的調查發現了加歐斯的變異種，同一時間前後，也有科學家在日本西南方的深海中發現了大量卡美拉枯骨遺留下的一處神秘地點。 父母喪生後，借住在鄉下親戚家的綾奈飽受同學欺負，有一天綾奈被霸凌者叫到供奉一個東西叫做"柳星張"...

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